Tháng Giêng, ngày Giáp Ngọ, năm Kỷ Dậu (1129), Lý Thần Tông tôn cha đẻ là Sùng Hiền hầu làm Thái thượng hoàng. Đại Việt sử lược chép việc ông tôn mẹ nuôi là Thần phi làm Thái hậu.[1] Đến tháng 1 âm lịch năm 1129, ông lại tôn cha là Sùng Hiền hầu làm Thái thượng hoàng và mẹ ruột là Đỗ thị làm Hoàng thái hậu.[2]

Ông thường tìm kiếm những con vật lạ trong thiên hạ làm sở thích. Phàm ai có hươu trắng, hươu đen hay chim sẻ trắng, rùa trắng... đều đem dâng vua cả. Lúc ấy, có Đỗ Khánh là lính ở Tả Vũ Tiệp đem dâng con cá xương và con cá công sắc vàng (cá xương là một loại cá biển, cũng gọi là cá hầu; cá công cũng ở biển, còn gọi là cá chiết, trông gần giống như con cua). Ông cho đấy là điềm lành, bèn xuống chiếu cho bề tôi chúc mừng. Cáp môn sứ là Lý Phụng Ân nói rằng:[3]

“ 

Cá là vật nhỏ mọn mà bệ hạ đã lấy làm điềm lành, vậy nhỡ sau này có người đem tới dâng con lân con phượng thì bệ hạ sẽ làm sao?

 ”

Bởi lời ấy, việc này mới thôi.

Năm 1128, Chân Lạp xua hơn 2 vạn quân tấn công bến Ba Đầu (Nghệ An). Thần Tông sai Thái phó Lý Công Bình chỉ huy quân chính quy liên kết với dân Nghệ An chống trả. Quân Đại Việt đã đánh tan quân Chân Lạp, bắt được chủ tướng cùng 169 binh sĩ. Vua Thần Tông đến các cung Thái Thanh, Cảnh Linh và các chùa quán ở Thăng Long để làm lễ tạ ơn Thần, Phật phù hộ cho người Việt giữ nước.[2] Đến tháng 8 năm 1132, quân Chân Lạp hợp sức với Chiêm Thành cướp phá Nghệ An. Thần Tông sai quan Thái úy Dương Anh Nhị đánh thắng được quân hai nước. Sang năm 1134, hai nước phải đến tiến cống[1]. Tháng 9 năm 1137, tướng Chân Lạp là Tô Phá Lăng lại mang quân vào cướp phá Nghệ An. Thần Tông sai quan Thái phó là Lý Công Bình đi đánh bại quân Chân Lạp.

Thần Tông đại xá cho các tù phạm và trả lại ruộng đất mà đã tịch thu của quân dân trước đó. Ông cũng thực hiện chính sách ngụ binh ư nông, cho binh lính thay phiên nhau cứ sáu lần một tháng được về làm ruộng. Vì thế, việc sản xuất nông nghiệp của Đại Việt phát triển[4].